El Santuario es una edificación de dos torres levantada durante la Ilustración, mezcla de estilo barroco gallego tardío con formas neoclásicas, y conocida como una obra de «Los Maestros», en alusión a los arquitectos y maestros de obra que realizaron edificaciones de este estilo.
De humilde origen, pues nació siendo una sencilla capilla de madera para dar cobijo a la imagen y amparo espiritual a sus muchos seguidores, se colocó la primera piedra el 18 de junio de 1778, siendo financiada enteramente por la Cofradía que le rendía culto y devoción, y que en la actualidad sigue siendo la propietaria y responsable del mantenimiento del templo.
Situada al lado de lo que en tiempos era la Puerta de Trabancas o Porta da Vila, está hoy en pleno centro de la ciudad, pasando justo por delante de su atrio el Camino Portugués a Santiago, también conocido como Camino del Sur o Camino de la Virgen Peregrina.
Con una original fachada convexa de abstracta decoración que sigue los contornos de una planta circular con final en cruz, recuerda la forma de una concha de vieira, símbolo universal del peregrinaje a la tumba del Apóstol. Esta forma circular se asocia a la tipología más extendida en los templos portugueses de la época.
Su esbelta fachada curva está dividida en dos cuerpos claramente diferenciados por unas cornisas voladas muy barrocas, siendo el inferior el más clásico de los dos y de casi el doble de envergadura que el superior. El cuerpo inferior está adornado con dobles pilastras estriadas de estilo pseudodórico en los laterales de la portada. Integra además unos óculos laterales y un arco de medio punto sobre el dintel de la puerta, coronada a su vez por un frontón de forma triangular en combinación con placas recortadas y claramente barrocas rodeando los vanos.
El cuerpo superior está decorado con cuatro columnas corintias que sirven de soporte a unos arcos formeros rebajados, sostén a su vez de la cornisa volada sobre la que se alza una cúpula con lunetas y linterna, mientras una bóveda de arista cubre el rectangular presbiterio. En el mismo se alojan tres hornacinas de arco de medio punto con las imágenes pétreas de la Virgen Peregrina -en la parte central-, y los santos Santiago y San Roque en los laterales. Incluye una singular ornamentación con dos filas de figuras ovoides colocadas bajo la hornacina central.
Un frontón central partido con la estatua alegórica de la Fe y una balaustrada decorada con pináculos coronan el edificio. Finalmente, dos torres de doble cuerpo y cupulino que cobijan el reloj y el carillón respectivamente, dan al conjunto una singular belleza y solemnidad.
Mientras que la fachada principal está realizada en aparejo de sillería, el resto del templo es de mampostería caleada en la que sobresalen sillares rectangulares dispuestos verticalmente, que recuerdan claramente construcciones portuguesas y en particular, la de la iglesia del Monasterio de Serra do Pilar, también de planta circular, y localizado en Vila Nova de Gaia (Portugal), al lado de la salida del puente Luiz I.
El 31 de octubre de 1896 se trasladan las campanas que existían en la torre norte a la torre sur, y en su lugar se instalan el reloj y las campanas procedentes de los restos demolidos del Hospital de San Xoán de Dios, que fueron ofrecidos por la Alcaldía Constitucional a la Congregación. El pavimento interior de mármol que provenía de Marsella, fue colocado en mayo de 1875, gracias a una donación Manuel Durán, hermano del naviero vigués Estanislao Durán.
En ese mismo año y para completar el ornato interior, se instaló una gran lámpara -una araña de cristal de 36 brazos-, adquirida en París por D. Telesforo Fonseca, con un coste de 5.473 reales.
En 1856 se instala el órgano del templo, obra de Pedro Otero Brandariz, y sufragado de forma particular y en su totalidad por varios cofrades ante la incapacidad de la propia Congregación de hacer frente a los 7.000 reales que costó. Otras donaciones reseñables incluyen la reja de bronce para el presbiterio decorada con los atributos de la Virgen, costeada por D. Juan Portela y D. Miguel Alén.
En febrero de 1795 se derrumba parte de su torre norte debido a una tormenta que causa graves daños en el templo. No será arreglada hasta 1873, 80 años después, obra adjudicada a Manuel Portela Salgueiro vecino de San Miguel de Marcón, momento en el que se instalan también dos pararrayos. El 9 de noviembre de 1873 se ofició un Tedeum para celebrar el fin de las obras, reconocidas y aprobadas por el arquitecto municipal el 22 de diciembre de ese mismo año.
Tanto el Santuario como la ciudad y el entorno en el que en un inicio se ubicó el templo, han cambiado mucho desde entonces. La ciudad sufrió una importante remodelación urbanística desde mediados del siglo XIX, y el atrio con fuente original fue entonces sustituido por una gran escalinata en la década de 1880, como se puede apreciar en la siguiente fotografía.
El conjunto de singular tipismo y belleza que conforman en la actualidad el atrio y la fuente que le precede -recuperada mucho más recientemente según proyecto de restauración del año 1953-1954-, está presidido actualmente por la efigie de Teucro delante de una cruz. Esta efigie sería instalada en 1956, dos años después de acabada la fuente. Teucro -héroe helénico de la Guerra de Troya- es quién, según cuenta una leyenda renacentista, fundó la ciudad de Pontevedra, pero lo cierto es que ningún estudio arqueológico demuestra la existencia de asentamientos humanos anteriores a la época romana.
Recientes estudios relacionan la fundación de Pontevedra con el asentamiento de Turocqua, mansión de la vía romana XIX, fundada en la orilla sur del río Lérez. El nombre de Pontevedra –siguiendo estos estudios- provendría del latín, y significa puente viejo (pontem veteram), de la misma manera que Torres Vedras -en Portugal-, significa Torres Viejas y Murviedro o Morvedre -en Valencia-, significa Muros Viejos.
El santuario fue declarado monumento histórico-artístico en 1982, y sometido a una primera rehabilitación un año antes. Se repararon serios daños estructurales que desembocaron en la aparición de grietas en los muros, debido al desplazamiento de sus cimientos como consecuencia del peso de la construcción y de la carencia de contrafuertes, así como debido al impacto de diversos rayos. Esta obra fue llevada a cabo por los arquitectos César Portela y Xosé Bar Boo.
La reparación del edificio se realizó en dos fases, siendo que en la primera se sustituyeron las cubiertas, se limpiaron e impermeabilizaron los muros y sustituyó el mortero de cal y cemento en los muros de mampostería. En la segunda fase, se procedió a la consolidación de los cimientos mediante la técnica de cosido mediante micro pilotes, y se eliminó del interior el mármol rojo que había sido colocado en 1964. Igualmente se procedió a trasladar la fuente de hierro fundido que tras la remodelación del atrio en 1953, había sido adosada a la fachada posterior del edificio, para situarla ahora en la plaza que hay detrás de la Capilla.
Entre el 2007 y el 2008, treinta años después de la última intervención, la capilla fue sometida a una restauración integral con un presupuesto final que se elevó a más de 725.000 euros. Lo que en su día comenzó como un proyecto de iluminación artística terminó convirtiéndose, con el paso del tiempo, en una restauración integral del templo, que se terminó en poco menos de un año, rehabilitándose -entre otros elementos-, la cubierta, las vidrieras, los pináculos, los muros de piedra, la pintura y el reloj.
El objetivo de la nueva iluminación nocturna es resaltar el Santuario de La Peregrina, icono del Camino Portugués a Compostela, usando luz azul para iluminar los campanarios, color con el que también se han señalizado las rutas jacobeas de los peregrinos franceses y portugueses a su paso por la ciudad.
En octubre de 2011, el Gobierno gallego declaró al santuario de la Virgen de la Peregrina de Pontevedra como Bien de Interés Cultural (BIC), por ser un templo »ligado al Camino de Santiago» y que supone »uno de los pocos ejemplos de iglesias con planta central».
