En sus orígenes, la Cofradía de Nª Sª del Refugio, «La Divina Peregrina» de Pontevedra se regía por las disposiciones emanadas del Concilio de Trento de 1562, de forma que estaba regida por un Mayordomo, varios Diputados, un Administrador y un Tesorero. Así estaba reflejada esta composición por la Junta General de 9 de agosto de 1777. A partir de la promulgación en 1917 del Código de Derecho Canónico, las Cofradías pasan a ser regidas por un Presidente, un Secretario y varios Vocales, uno de los cuales hará la función de Tesorero.
Los actuales Estatutos de la Cofradía de Nª Sª del Refugio, «La Divina Peregrina» han sido revisados para su adaptación a las vigentes normas del nuevo Código de Derecho Canónico de 1983 y de la Conferencia Episcopal Española, y aprobados por el entonces Arzobispo de Santiago, D. Antonio Mª Rouco Varela, en Febrero de 1988.
Los estatutos abarcan todos aquellos aspectos que definen los fines y objetivos de la Cofradía, los derechos y obligaciones de sus miembros, el Régimen de Bienes y las Gracias Espirituales. De acuerdo con los estatutos, la Cofradía está regida canónicamente por la autoridad Eclesiástica competente, poseyendo personalidad jurídica propia y sede en la ciudad de Pontevedra.
El templo tiene carácter y derechos propios de Iglesia a tenor del canon 1.214, y está sometido a la jurisdicción y vigilancia del Ordinario del lugar, quien tiene el derecho de visitarlo. En dicho templo, como lugar Sagrado, podrán celebrarse todas las sagradas funciones que no estén reservadas canónicamente a la Iglesia Parroquial.