Tal y como lo recogen los vigentes Estatutos de la Cofradía de Nª Sª del Refugio, «La Divina Peregrina» de Pontevedra, el máximo órgano de gobierno de la misma está representada por una Junta de Gobierno, constituída por un mínimo de 9 miembros. Integrada por un Presidente, un Vice-Presidente, un Secretario, un Tesorero-Contador y 5 vocales, debe velar por el buen cumplimiento de los fines de la Cofradía. La pertenencia a la Junta de Gobierno es un derecho que corresponde, por igual, a todos los cofrades, los cuales tiene libertad para aceptar o declinar dicho honor. La duración del mandato será de 5 años.
La Junta de Gobierno se reúne de manera ordinaria una vez al mes, y de forma extraordinaria, cuando lo decida el Presidente o la mayoría de la Junta. En la actualidad y hasta el fin del actual período de gobierno, la Junta de Gobierno está constituida por los siguientes miembros:
- Presidente: Juan Carlos Aguilar Argenti
- Vice-Presidente: María Luisa Fernández Rajoy
- Secretario: Francisco Javier Campos Couselo
- Tesorero-Contador: D. Juan Javier Puig Sáez.
- Rector: D. Raul Lage Radio (Párroco de San Bartolomé)
El 17 de Enero de 2015 se designan los siguiente vocales de la junta de Gobierno:
- Paula Moure Rivera
- Manuel Moure Vázquez
- Jose Antonio De Los Ríos Pardo
- María del Carmen Fandiño Pita
- María Jesús Prieto Toranzo
- María Asunción Hevia Pardo
- Rafael Landín Martinez
Junta General
Existe una lista de cofrades ordenada por orden de antigüedad de pertenencia a la Cofradía. Dicho orden no podrá ser modificado en momento alguno, y cada miembro tiene derecho a conocer el lugar que ocupa en la ordenación. La totalidad de los cofrades constituyen la Junta General de la Cofradía.
A dicha Junta General le corresponde la facultad de designar, por mayoría de votos, al Presidente, Vice-Presidente, Secretario y al Tesorero-Contador, debiendo ser confirmados por el Ordinario del lugar. En virtud de las atribuciones que los Estatutos otorgan al Presidente, éste, junto con el Rector -el cual tiene voz pero no voto-, deberá elegir a los 5 vocales de entre todos los cofrades que considere más preparados y dispuestos para asumir las diversas responsabilidades dentro de la Cofradía. Todos estos cargos deberán recaer en cofrades que se distingan por su interés en la Cofradía y en sus fines, siendo relalizada la elección de los mismos siempre en el último trimestre del mandato de la Junta, en Asamblea General.